失去魔帝领导的黑暗军团很快被各界联合力量所击败，暗黑魔宫被彻底攻破，黑暗军团的魔将们纷纷离散。四极龙表示虽然魔帝被封印起来了，但毕竟没被消灭，所以他把在第一次来到黑暗之门找黑颅骨时打算制约黑门的想法重新提到桌面上，他认为黑暗之门在魔帝没有被消灭之前必须先封印起来，不然以魔帝那些魔界爪牙和黑暗造物的能力必然会从黑暗界汲取力量，这将会为魔帝提供强大的后援，他甚至会用这些力量腐蚀封印。可这门是天道秩序幻化而成的具象体，是一个空间的入口，即便只是从外部将其封闭也并非单靠法力或什么阵法就能做到的，需要研究出一种针对性的方法。于是四极龙和天界的大神及天上人间的能工巧匠一起集思广益，集人间与众神之智慧用铸造权杖的材料即光明界的金铁制造出一个做工精密的封印神器黄金齿盘，而后用大法力将其融嵌进黑暗之门的外表，齿盘的中线在门的中线上，两边分别贴在门的两扇面上，就像一个卡在门中央的门锁来锁住门的两个扇面，用法力拨动齿盘中央的齿轮顺时针旋转一周以封锁住黑暗之门，后将其取下。为了避免封印大阵的时间到了之后还是没能消灭魔帝，四极龙和众神决定做一个保险措施，在取下齿盘之前对其和黑暗之门施加一种足以破坏秩序的法咒，只要再次将黄金齿盘放入黑暗之门表面的凹槽并用法力逆时针拨动齿轮旋转一周令其回到原点，破坏秩序的法咒就会自行运作，从而强行摧毁黑暗之门，破坏空间通道。虽然这只是暂时的，长久下去迟早会出现新的通道来取代之，但这一打破世界光影平衡的方法是不到万不得已众神不会使用的。出于对人间安全负责和对维护世界万物及历史发展之规律这一重要方面考虑，诸神在撤出魔界之前还做了最后一件事，那就是为了防止黑暗军团在以后的时光里蠢蠢欲动渗透人间，上古天界诸神合力在魔界布下封锁结界，将魔界和人间的通道封闭。因为魔帝的出现给人间带来的巨大影响已经严重扰乱了人间正常的历史发展的轨迹，隔离人魔两界后，不仅可以为隔绝魔帝对人间的威胁上一道保险，维持正常的天地发展秩序，也是为了保证此后的数千年中，魔界和人间再无往来，除非魔帝再次复出，否则魔界之中是没有任何力量能够打破这一隔离结界的（但他们忽略了影刃王魔刀的威力足以撕裂空间，撕裂的缺口足以让小股魔军渗透进人间）。
可魔帝虽然被石化封印了但也只是限制了行动和法力的自由，他的意念之力依然很强大，他早在没被封印之前令牌震飞的时候就以精神通话告知他的御林军大统领拿回令牌等待指示，现在他感到令牌就在大统领手里，由于大统领和黑暗军团三军提督都是令牌所造，所以虽有强大法力但根本不能操控令牌，这也是魔帝要他去夺取并保管令牌的原因，还有就是自己从不信任魔界的人。在众神都撤离魔界战事平息一段时间之后，魔帝用意识召唤大统领前来魔宫，操纵令牌飞到自己的王座之前，插在自己右手边，魔帝依然可以控制令牌，并让他的大统领带卫队黑甲军在这里驻守保护令牌。而对于月灵将军的问题魔帝却另有打算，目前月辉协助封印自己的事情只要魔帝自己知道，一开始他也想让大统领消灭她，可转念一想觉得自己将来一旦有机会复出，自己这边是需要月灵将军的特殊能力的，而她如果继续做正义势力的卧底，那自己倒是可以将计就计利用她这一点。而且魔帝考虑将来重组黑暗军团，像月灵将军这样的情况肯定还会存在，因此对于这类人只要用法得当就不会出大问题，少让他们接触自己的核心利益就是了，便放弃了消灭她的念头。在随后的几千年中，魔帝通过令牌秘密号令群魔逐渐再次集中起来，并在大统领和三军提督及魔界忠臣影刃王的协助下将失散的魔将们逐一召回，逐渐重组黑暗军团以备将来之需。
由于五千年后魔帝的封印就会失效，届时魔帝将会复出，如果加上各种因素的影响甚至复出时间会更早，魔界的封锁结界也迟早会被打破，众神都知道这一点，因此有人提议等到一定的时候再次施法重新封印一次，再封他个几千年，而四极龙否认了这一提议，先不说到时候能不能再成功布阵，就说如此一直封印下去，长久了迟早会生出事端，魔帝一定会想尽办法冲破封印，因此只能抓住这一次机会，必须在五千年后魔帝再次复出的时候或之前想出可以消灭他的办法。但这魔帝既身为负能量的代表黑暗的象征，要想灭他，必须将他的法身和本体黑颅骨全部摧毁才行。四极龙还是提出点亮全部光珠这一最保险也是最初的方案，至少还有数千年的时间可以寻找有此能力的人。众神认为此法属于消极等待之法，虽然行之有效可是太过被动，对于毁灭魔帝之事还是应当尽速。黄帝有一提议，他说魔帝现在力量亏空，只要他没有找回被分开存放的六份力量，即使他已经复出解除了石化状态，仅靠法身残余的力量也不可能离开王座，离开封印大阵。虽然阵法对魔帝法力的制约解除了，但行动力的限制一时还不会解除，除非法阵崩溃。只要魔帝还被封印着，就不一定非要用八颗光珠的力量去消灭他，只要把封印阵法转换一下，将布阵人的法力和六神兵的力量集中起来输出，因而再次布阵时就能将封印阵法通过能量汇聚输出变成消灭魔帝的歼灭阵法，一次攻击的力量足以摧毁封印状态下的魔帝法身。唯一的风险就是六神兵一旦插入位置后魔帝就可以通过黑暗能量污染六芒星阵而取回他的力量，因此必须在最后一个神兵插入的一瞬间施法，以确保攻击完成时间赶在魔帝开始施法或是施法结束之前，在他取回自己的力量之前消灭力量相对亏空的魔帝法身（对于人类而言，即使力量被抽走之后，魔帝仍然十分强大，而且黑暗令牌还在，黑暗军团还会重组）。四极龙也认为可行，毕竟现在的魔帝不是之前的强力状态（至此之后，最初的集齐光珠毁灭魔帝的办法就被众神和世人渐渐忘却和忽略了，传下来的都是重新布阵毁灭魔帝），但还是要想办法消灭黑颅骨，不然毁掉法身就相当于还黑颅骨自由，因此在没有找到毁灭黑颅骨的办法之前都不能进行重新布阵。至于如何消灭黑颅骨，众神目前还没有方法，四极龙表示此事自己会负责，黑颅骨本身是经过数万年的深化才有此力量，要想消灭它，至少需要大于其强度的光明能量来消解它，如此算来，要么找到足够强大的正道能量源，要么就得花上几万年甚至更久的时间来积蓄和凝聚高纯度的光明能量。再者说，如果布阵出了差错没能消灭魔帝反倒被其取回力量，那就还得靠光明核心来消灭他，不过找寻点亮全部光珠的人的确是很被动，而且点亮全部光珠不仅仅是人本身的问题，还有时代和氛围环境等因素都必须切合才行，需要进行多次尝试，这些都是需要时间的，就算尽速去做，至少千年之内是不可能完成并进行布阵的。
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